混床再生離子交換系統的樹脂再生一般可以分為分步再生和對流再生兩種方式。分步再生是將失效樹脂在混床內用水或鹽水反洗，陰樹脂和陽樹脂因為其密度差異在水流沖洗下分為上下兩層，陰樹脂密度較小處于上層。在床層頂部引入再生堿液（NaOH）,再生廢液從陰、陽樹脂的分界面的排液管引出，再生陽樹脂時，在床層底部通入再生酸液（HCL），同樣再生廢液也從兩種樹脂分界面處的排液管導出。在陰樹脂下再生時，為了避免堿液流入陽樹脂層引起“交叉污染”，需同時從床層詢問引入原水通過陽樹脂作為支持層。在陽樹脂再生時則從床層頂部通入原水防止酸進入陰樹脂層。對流再生是在樹脂分層后從床層上下同時引入堿和酸再生液進行樹脂的再生，這種方法可以節約再生時間，但會耗費較多的再生液。再生完成后，從上、下兩端同時通入純水清洗樹脂，然后用壓縮空氣攪拌樹脂使其混合均勻。混床再生時要嚴格控制再生酸、堿的用量和流速，否則會造成分界面附近的兩種樹脂發生交叉污染。在用純水清洗樹脂時， 當陰樹脂層的PH=8、陽樹脂層的PH=5時，就可以停止清洗，進行攪拌混合，不需要洗至出水至中性。